«Осер» Бакари Санья сыграл за «Осер» 87 матчей в чемпионате Франции и был включен в состав, который выиграл Кубок Франции в 2005 году. Также он играл в Кубке УЕФА в каждом из трех сезонов, когда он был футболистом основного состава.. Бакари сыграл 17 матчей в этом турнире. Также он был включен в символическую сборную чемпионата Франции как правый защитник.
«Арсенал» 12 июля 2007 года Бакари Санья перешел из «Осера» в лондонский «Арсенал». Ему была предоставлена футболка под номером 3, которую до него носил Эшли Коул, который сейчас играет за лондонский «Челси». 19 июля он дебютировал за новый клуб в товарищеском матче против турецкого футбольного клуба «Генчлербирлиги», которую «Арсенал» уверенно выиграл 3-0. В Премьер-лиге Санья заиграл с 1-го тура в матче против «Фулхэма» («Арсенал» победил 2-1). Санья в большинстве случаев играет правого защитника, хотя он также может сыграть и в центре, и на левом фланге и даже в полузащите. Со своим приходом, он сместил своего нового одноклубника Эбуэ на роль правого полузащитника.
3 февраля 2008 года Бакари Санья стал автором голевой передачи на Эммануэля Адебайора в игре против «Манчестер Сити», которую Арсенал выиграл 3-1.
23 марта 2008 года Бакари забил свой первый гол в составе «канониров». После подачи углового он зряче пробил головой в ворота лондонского «Челси». Однако этот гол не спас «Арсенал» от поражения со счётом 1-2.
